وبصفة عامة، الكلورة هي سيف ذو حدين عندما يتعلق الأمر بأنظمة التناضح العكسي. كطريقة للتطهير، الكلورة ليست فقط فعالة وعملية، ولكنها فعالة من حيث التكلفة كذلك. المشكلة الوحيدة هي أن الكلور كاوية جدا لعناصر الغشاء، ويمكن أن يسبب ضررا خطيرا. إزالة الكلور هو نوع من الحقن الكيميائي الذي يضيف مادة كيميائية التي تشكل الأملاح مع الكلور، مما يجعلها ترفض بسهولة من قبل عناصر الغشاء. وفي هذه الحالة، لا بد من إزالة الكلور فيما يتعلق بمعالجة المياه. دون إزالة الكلور، أغشية التناضح العكسي ليست فقط غير فعالة عندما يتعلق الأمر بالكلور المياه، ولكن الكلور سوف ببساطة تدمير غشاء البروتين.