على الرغم من كل الجهود المبذولة لحماية نظام رو من قاذورات وفقدان تدفق، في نهاية المطاف الأغشية تتطلب التنظيف الكيميائي. وسيتضمن نظام التناضح العكسي المصمم جيدا أحكاما لتنظيف التنظيف لتسهيل عملية التنظيف. يجب أن يتضمن الزلق خزان كيميائي، سخان حل، مضخة إعادة تدوير، مصارف، خراطيم، وجميع الوصلات والتجهيزات الأخرى المطلوبة تحقيق تنظيف كيميائي كامل للوحدات رو.

تتوفر مواد التنظيف الكيميائية المختلفة للحفاظ على الأغشية رو. نوع وكمية من فولانت سوف تملي عامل التنظيف الأكثر فعالية. أفضل عمال النظافة الحمضية "إزالة الرواسب المعدنية. يستخدم بيروكسيد الهيدروجين عادة لتنظيف وتعقيم الأغشية لتصحيح أو منع مشاكل الحشف الحيوي. في بعض الحالات، يتم استخدام مذيب خفيف مثل الميثانول. بسبب عدد المتغيرات التي ينطوي عليها اختيار وتطبيق عوامل التنظيف هذه، اتصل بمصنع الغشاء، أو مورد المعدات، أو استشاري كيميائي مؤهل للحصول على مشورة محددة وتوصيات بشأن كيفية إجراء تنظيف فعال.

وينبغي رصد عملية نظام رو بعناية للتنبؤ متى الأغشية تتطلب التنظيف. وكقاعدة عامة، يشار إلى التنظيف عند انخفاض معدل التدفق العادي بنسبة 10٪. في ظل حالة مثالية، على افتراض أن نظام المعالجة المسبقة رو مصممة بشكل صحيح وتشغيلها، وينبغي أن يكون التردد بين تنظيف الأغشية 3 أشهر أو أكثر. ويعتبر تنظيف كل 1 إلى 3 أشهر أداء عادلة، وتقترح أن بعض التحسينات في نظام المعالجة المسبقة ينبغي النظر فيها. تشير ترددات التنظيف كل شهر أو أكثر إلى تغير في نوعية المياه الخام، أو مشكلة في نظام المعالجة المسبقة، أو مشكلة في تشغيل وحدة رو.